Formé en 1997 par le chanteur-guitariste Joe Haege, le bassiste Jay Winebrenner et un batteur vite remplacé par Joe Kelly, 31KNOTS s'installe à Portland dans l'Oregon où le groupe commence aussi bien à se produire en concert que composer et enregistrer leur tout premier album autoproduit « Climax/Anticlimax » sorti en 2000. Un an et demi plus tard, sur les recommandations du batteur de Dilute, Jay Pellicci, 31KNOTS est signé sur le label 54°40' or Fight!, qui produit rapidement The Rehearsal Dinner Ep alors que le groupe commence à faire tourner les têtes sur la West Coast lors de concerts époustouflants en compagnie de Modest Mouse, Califone et Owls.

Mais il fallut attendre le second album « A word Is Also a Picture of a Word » pour que les critiques les remarquent également. Ils furent stupéfiées par les prouesses techniques de la section rythmique mais aussi par le jeu de  guitare frénétique de Haege. On les a aussi beaucoup comparé...à tort. En effet, on peut discerner dans leur musique l'amour que porte le trio à la complexité des musiciens jazz et classique, rien d'un simple groupe tentant d'imiter ses contemporains de l'indie rock.

Quand en Août 2002, 31KNOTS entre en studio pour commencer à enregistrer son 3e album, Joe Kelly décide brusquement de quitter le groupe. Jay Pellicci, qui enregistre alors avec l'aide de son frère Ian, accepte de se mettre derrière les fûts. Mars 2003, le groupe retourne en studio pour compléter « It Was High Time To Escape ». 

A l'automne 2004, s'étant séparé de 54°40' or Fight!, 31KNOTS sort le EP « The Curse of The Longest Day » au Japon et en Europe. Composé d'atmosphères et d'instrumentations diverses, cet EP se détache drastiquement des précédents enregistrements et c'est avec ce support qu'en 2005, 31KNOTS signe avec le célèbre label américain Polyvinyl qui sort dans la foulée leur quatrième album « Talk Like Blood » qui emmène le groupe hors de ses frontières, vers le Japon et l'Europe.
En 2007 sort « The Days and Nights of Everything » , suivi par  «Worried Well » en 2008.